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どっぷりはまった・・・・
さくらインターネットの独自ドメイン上にSSL導入（https化）時に
Let's Encrypt 導入完了メールが届いた後に
全てのページが404 Not Foundに・・・・
ありゃ？別ディレクトリに移動とか
やらなきゃいかんことがあったかな？と思って
色々資料を読んでみても特に記述無し
.htaccessの設定が生きていたんで
どーも違うっぽいなぁ～と思って色々調べていると
ドメインのウエブのパス設定が勝手に書き換えられていました
（通常なら「/」になってるのが「/0」になっていたので「/」に再設定）
同じようにはまった人がいましたら確認してみてください